L'operatore del Trattamentro Reiki, eseguirà una scansione passando le mani a qualche centimetro di distanza dal corpo del ricevente, per tutta la sua estensione. In tal modo, secondo il suo personale sentire, avvertirà l'eventuale presenza di zone energeticamente squilibrate (scariche, sovraccariche o stressate). Per non distorcere la percezione dell'energia nelle varie zone, già in fase di scansione è importante che non vi siano parti del corpo più coperte di altre (è una delle ragioni per cui, se non si intende spogliarsi, converrà rimuovere indumenti intimi stretti).

Ciò non significa che l'operatore debba essere un indovino (per quanto ne esistano) e che possa essere in grado di indovinare la presenza di patologie non dichiarate. E' abbastanza banale e finanche controproducente il tentativo di mettere alla prova l'operatore, tacendo volutamente l'esistenza di patologie o traumi pregressi per verificare se lo stesso sia in grado di rilevarli. La scansione riguarda il lato energetico, e può indicare all'operatore se vi siano zone energeticamente stressate e sovraccariche, oppure spente. A seconda della zona, sarà possibile capire, semmai, in quale lato della vita la persona si sente più stressata. Certamente, da tali squilibri, con effetto "domino" potrebbero verificarsi (o essersi già verificate) patologie fisiche. Ma non è mai utile tacerle. Il paziente ha il dovere di collaborare con l'operatore, fornendogli ogni elemento possa risultare utile.

Quindi, si inizierà il trattamento vero e proprio, in cui l'operatore appoggerà le mani lungo tutto il corpo, dalla testa ai piedi, su entrambi i lati, seguendo schemi di posizioni standardizzati, che verranno integrati con eventuali posizioni aggiuntive secondo quanto rilevato nella scansione.

Tutto ciò che il paziente avverte inizialmente durante il trattamento - massaggio Reiki, non è altro che il contatto delle mani del terapeuta sul proprio corpo, spesso unitamente ad una sensazione di calore o di formicolio nella parte toccata o in altra zona del corpo.   

Durante il tempo del contatto, l'Energia universale fluisce (attraverso le mani dell'operatore, che funge da canale di trasmissione) nella persona trattata, nel suo corpo fisico e nei suoi corpi sottili, andando a colmare le zone di maggiore carenza energetica.
Questo trattamento benessere è proposto da molte strutture alberghiere termali affiancato alle cure termali